Есть народная мудрость: "знал бы где упаду, там бы костылями подпер". Если вы добавили в свой быстро растущий стартап крон-задачи, особенно чаще чем, скажем, раз в 10 минут, гарантирую, что рано или поздно они будут выполнятся дольше отведенного времени, соберутся в большую стаю и вынесут ресурсы сервера, базы или чего-нибудь еще.

Как всегда в линукс мире есть подходящее решение из коробки (источник):

$ crontab -l
10 * * * * /usr/bin/flock -w 0 /path/to/cron.lock /usr/bin/php /path/to/cron.php
# php хи-хи

Этот хак, как и многое из моего блога, гуглится за несколько минут. Но честно говоря, пару лет назад я вставлял какое-то безумие в виде создания временного файла и проверки его существования. Если почему-то вы делаете также, то попробуйте flock - будет гораздо изящнее.